Curso Avançado de Doutoramento e de Pós-Graduação: Pathogen Multiomics and Bioinformatics

O crescente acesso e disponibilidade de dados gerados por plataformas de Next Generation Sequencing tem vindo a permitir novas perspetivas acerca da patogenicidade, patofisiologia e disseminação de doenças de etiologia infeciosa. Tratando-se de um curso inicial de bioinformática aplicada ao estudo de diversos agentes patogénicos, incluindo a sua interação com o hospedeiro, o presente curso tem como principal objetivo abranger um amplo espectro de procedimentos analíticos que vão desde a introdução aos dados NGS, e respetivo controlo de qualidade, até aos estudos de associação genómica (Genome-Wide Association Studies) aplicados a diferentes agentes patogénicos.

Pretende-se que através de uma abordagem essencialmente prática os participantes possam apreender os conceitos e fundamentos inerentes às diferentes fases analíticas. Tal, é fundamental para a tradução dos vastos conjuntos de dados gerados por este tipo de plataformas em informação biologicamente e epidemiologicamente relevante e, simultaneamente, consolidar de forma sistemática a base teórica dos mesmos.

Coordenadores:

João Ruben Lucas Mota Perdigão, Investigador Junior do Departamento de Farmácia, Farmacologia e Tecnologias da Saúde, Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa. 

Estudantes de Doutoramento da FFUL. O Curso será ainda aberto a outros participantes, nomeadamente, profissionais das áreas das ciências farmacêuticas, medicina, enfermagem, biologia e outras áreas relacionadas, alunos de mestrado, doutoramento ou investigadores doutorados a desenvolver trabalho em áreas afins.

O presente curso decorrerá entre 03 de julho de 2023 e 07 de julho de 2023 e confere um total de 6 ECTS.

As horas de formação estão distribuídas do seguinte modo:

• Horas teóricas: 7
• Horas práticas: 28
• Horas laboratoriais: 0
• Horas Orientação Tutorial: 0

O curso decorrerá durante 5 dias, entre as 09:30h e as 18:00h, em formato híbrido com possibilidade de participação presencial na FFUL ou, exclusivamente online em sessões síncronas.

PROGRAMA

(clicar para aceder)

***

Metodologia de Ensino:O curso abrange uma componente teórica sólida sobre a qual se encontra alicerçada a aprendizagem e desenvolvimento das várias fases analíticas através de sessões práticas e que compõe a maioria do curso. O curso incluirá dessa forma sessões teóricas e uma forte componente computacional prática com vista à análise de dados genómicos, transcriptómicos, ou metagenómicos e como correlacionar com a avaliação de características fenotípicas (e.g. resistência, virulência) ou com o risco epidemiológico para disseminação e respetiva importância ao nível de saúde pública. Esta abordagem permitirá aos participantes executar diferentes passos analíticos utilizando dados obtidos através de plataformas NGS de forma a responder a diferentes questões de natureza fundamental ou aplicada.

Será disponibilizada um computador por participante e todos os procedimentos analíticos serão realizados usando software open-source. Serão promovidas sessões de grupo interativas para discussão de resultados entre os participantes.

Metodologia de Avaliação: Para efeitos de avaliação enquanto curso não conferente de grau e com menção Aprovado/Não Aprovado, será exigida a realização de relatório acerca da relevância das metodologias apresentadas para o trabalho de investigação a desenvolver pelo participante ou para a sua prática profissional.

Enquanto curso de formação avançada de doutoramento será, em alternativa, exigida a apresentação de projeto de investigação escrita ou implementação das metodologias estudadas (em grupo) de forma obter creditação do curso com menção de avaliação quantitativa (0-20). Ambos, relatório e projeto de investigação, deverão ser submetidos num prazo de três semanas após a conclusão do curso e que, desta forma, compreende trabalho realizado autonomamente.

Aprendizagem e as competências a adquirir pelo estudante:

O programa do curso pretende proporcionar aos estudantes uma maior familiarização com as diversas tecnologias ómicas, com a terminologia bioinformática, ferramentas disponíveis e fundamentalmente, capacitar os participantes para conduzir e realizar a fase analítica associada a este tipo de dados. Especificamente, no final deste curso, os participantes deverão ser capazes de:

1. Compreender, interpretar e avaliar a qualidade inerente aos tipos e formatos de dados gerados pelas tecnologias ómicas de última geração:
2. Mapear sequencias contra um genoma de referência, identificar variantes à escala genómica e realizar a sua anotação funcional;
3. Realizar a montagem genómica de novo, incluindo análise comparativa e anotação genómica;
4. Integrar os procedimentos analíticos prévios em abordagens filodinâmicas ao estudo da evolução e dispersão dos agentes patogénicos com importância ao nível da saúde pública;
5. Realizar análise transcriptómica, avaliação e identificação de expressão génica diferencial;
6. Caracterizar amostras polimicrobianas com vista à caracterização da composição do microbioma e metagenoma;
7. Compreender, interpretar e realizar estudos de associação genómica (GWAS).

Candidaturas e Inscrição: até 01 de julho de 2023

Data de Início e Conclusão do Curso: 03 de julho de 2023 a 07 de julho de 2023

***

Habilitações de Acesso:

Licenciatura ou Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, Medicina, Biologia e outras áreas afins. 

Critérios de seleção e de seriação:

 Data de inscrição.

• Número mínimo de formandos para funcionamento: 6
• Número máximo de formandos para funcionamento: 35

***

Valor da Inscrição:

• 175€ para inscrição estudante
• 450€ para inscrição de profissionais e corporate
• 220€ para inscrição de investigadores pós-doutoramento

Nota: doutorandos da FFUL que desejem realizar o curso como parte da sua componente curricular obrigatória de 1.º ano estão isentos do pagamento do valor de Inscrição. 

Seguro Escolar: 2.03€

Pela aplicação da alínea e) do ponto 2 do Artigo 42ª dos Estatutos da Universidade de Lisboa, e tendo em conta os termos da atribuição do financiamento PRR no âmbito do programa “Impulso Adultos”, a Unidade Orgânica responsável pela coordenação de cada curso pode atribuir prémios de desempenho escolar.

Acesso à Plataforma FenixEdu:

• Caso nunca tenha sido aluno da FFULisboa deve efetuar um pré-registo na Plataforma FenixEdu.
• Se é ex-aluno da FFULisboa e já teve conta campus@ulisboa ou @edu.ulisboa.pt deve aceder à Plataforma FenixEdu e autenticar-se com os dados da sua conta.
  Caso tenha perdido o acesso à sua conta, pode recuperar a senha na área de utilizadores da ULisboa.
• Se é ex-aluno da FFULisboa e nunca teve conta campus@ulisboa ou @edu.ulisboa.pt deve enviar um email para posgraduados@ff.ulisboa.pt indicando o nome completo e número de documento de identificação.

Aceder à Plataforma FenixEdu.

• No separador “Candidato”, escolher o tipo de candidatura: “Curso de Formação Avançada – Curso Avançado em Pathogen Multiomics and Bioinformatics”,
• Preencher o formulário online e anexar todos os documentos em formato digital.
• Selecionar a opção “Submeter”.

Informação relativa à organização do Curso, deverá contatar os Serviços Académicos: doutoramentos@ff.ulisboa.pt

Informações de cariz científico da lecionação do curso, deverá contactar a Coordenação do Curso.