Hélder Mota Filipe foi eleito, a 30 de outubro de 2019, Presidente da Associação de Farmacêuticos dos Países de Língua Portuguesa (AFPLP) para o Biénio 2019-2021. A eleição ocorreu durante a Assembleia Geral da AFPLP que decorreu no Porto.
Para além de Docente da FFUL, Hélder Mota Filipe é atualmente Presidente do Conselho para a Cooperação da Ordem dos Farmacêuticos de Portugal e membro de algumas comissões do INFARMED – Autoridade Nacional do Medicamento e Produtos de Saúde, I. P., nomeadamente Comissão de Ética para a Investigação Clínica, Comissão de Avaliação de Tecnologias de Saúde e Comissão de Avaliação de Medicamentos.
A AFPLP é uma associação de carácter profissional e científico, sem fins lucrativos, que visa, fundamentalmente, promover as Ciências Farmacêuticas e defender os interesses da profissão farmacêutica em todos os países de língua portuguesa.