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O estudante de doutoramento e os orientadores, juntamente com a Comissão de Acompanhamento da Tese, com funções de mentoria, identificam o melhor plano de desenvolvimento de carreira para o estudante, no ramo de Farmácia e em cada uma das suas especialidades, incluindo formação principal e complementar, investigação, seminários e mobilidade. As ações de formação são variadas e incluem a frequência de cursos, rotações laboratoriais e seminários, realizados na FFULisboa ou noutras unidades orgânicas da ULisboa, bem como fora da ULisboa, noutras universidades ou em empresas. Os cursos avançados nucleares são optativos e centram-se na investigação interdisciplinar e translacional de descoberta e desenvolvimento de medicamentos. Por outro lado, as rotações laboratoriais, também opcionais, promovem competências específicas em métodos de investigação. Os seminários estimulam a comunicação oral e escrita com os pares. Opções de formação complementar em soft skills são encorajadas.
Os cursos e as rotações laboratoriais envolvem formação e auto-estudo complementar, por vezes através de estudos de caso, provenientes da academia e da indústria, em áreas como: Biofarmacêuticos e Terapias Avançadas; Biomarcadores e Desenvolvimento de Ensaios; Química Medicinal; Entrega Avançada de Fármacos; Eficácia Não Clínica e Segurança; Farmacoepidemiologia e Farmacovigilância; Regulação e Avaliação de Medicamentos; Empreendedorismo em Terapias Inovadoras. A configuração modular do curso de doutoramento permite que um subconjunto específico de cursos e rotações laboratoriais sejam seguidos. A mobilidade é também estimulada através da participação do aluno em cursos complementares, abrangendo competências transversais, tais como a escrita técnica e comunicação, liderança, gestão de tempo e recursos, parcerias e trabalho em equipa, ética científica, propriedade intelectual, empreendedorismo, transferência de conhecimento.