1836
Criação da Escola de Farmácia anexa à Escola Médico-Cirúrgica de Lisboa fundada por Passos Manoel.
1911
Foi constituída a Universidade de Lisboa. Neste âmbito, a Escola Médico-Cirúrgica de Lisboa passa a designar-se Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, continuando a integrar a Escola de Farmácia.
O movimento geral de reforma do ensino desencadeou alterações na estrutura curricular do curso de farmácia que passou a ter a duração de oito semestres, dando direito ao título de Farmacêutico Químico.
1918
O Decreto n.º 4.653, de 14 de julho, veio determinar que o ensino de farmácia fosse ministrado nas Escolas Superiores de Farmácia das Universidades de Lisboa, Porto e Coimbra, deixando de estar afetas às respetivas Faculdades de Medicina.
A instituição passou a ter a sua autonomia e a denominar-se Escola Superior de Farmácia da Universidade de Lisboa. Continuou, contudo, a partilhar as instalações da Faculdade de Medicina, em situação precária e inadequada.
1920
Aquisição dos terrenos da Quinta da Torrinha com o objetivo de edificar instalações próprias. Esta propriedade, na época de tipologia agrícola, situava-se na área que atualmente é ocupada pelos vários edifícios da FFUL, do antigo Refeitório II da Universidade de Lisboa e por parte da Avenida das Forças Armadas. Seria a partir dos terrenos circundantes desta Quinta que, mais tarde, se criaria a Cidade Universitária.
1921
Pelo Decreto n.º 7.238, de 18 de janeiro, a Escola Superior de Farmácia passa a designar-se Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa, permitindo não só a atribuição dos graus de licenciado e doutor em Farmácia, como também a emissão do diploma de Farmacêutico-Químico.
1932
A Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa foi extinta na sequência de restrições orçamentais determinadas pelo Estado Novo, tal como tinha acontecido à Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra em 1928. Em consequência destas decisões políticas, apenas a Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto tinha autoridade para atribuir o grau de licenciatura em Farmácia.
Em Lisboa e Coimbra, as respetivas Faculdades de Farmácia passaram novamente a Escolas Superiores de Farmácia podendo apenas atribuir o grau de bacharel em Farmácia.
1968
O Decreto-Lei n.º 48.696 transformou as Escolas de Farmácia de Lisboa e de Coimbra novamente em Faculdades de Farmácia com o mesmo plano de estudos que vigorava na Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto, atribuindo grau de licenciado em Farmácia.
1978
1978-1988 | A licenciatura em Farmácia foi substituída pela licenciatura em Ciências Farmacêuticas conferida em três ramos: Farmácia de Oficina e Hospitalar (Área A), Farmácia Industrial (Área B) e Análises Químico-Biológicas (Área C), instituindo um estágio pré-licenciatura obrigatório com a duração de seis meses (Decreto-Lei n.º 111/78, de 19 de outubro).
Este plano curricular foi novamente alterado por directrizes europeias, tendo sido extintos os ramos e criando-se a Licenciatura em Ciências Farmacêuticas unificada com 11 semestres.
1996
Inauguração dos Edifícios G e H, com nova biblioteca auditório, anfiteatros, salas de aulas, refeitório, gabinetes e serviços administrativos.
2006
O Processo de Bolonha veio originar uma nova reorganização curricular, passando a licenciatura a Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas com a duração de 10 semestres.
Neste mesmo ano foram criados os Mestrados de 2.º ciclo e reorganizado o doutoramento.
2013
Fusão da Universidade de Lisboa com a Universidade Técnica de Lisboa.
Criação/disponibilização de novo logótipo da FFUL.
Atribuição da Medalha de Honra da Ordem dos Farmacêuticos.
2017
Acreditação, pela A3ES - Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior, do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, Mestrados de 2.º Ciclo e Doutoramento em Farmácia.
Atribuição do nome Maria Odette Santos-Ferreira ao Auditório da FFUL na sequência da proposta feita pela AEFFUL e aprovada pelo Conselho de Escola.
2019
Atribuição do nome Carlos da Silveira ao Edifício Centro de Patogénese Molecular da FFUL na sequência da proposta feita pelo Professor António Almeida e aprovada pelo Conselho de Escola.