Curso Pós-Graduado de Atualização: Pathogen Multiomics and Bioformatics

Objetivos

O crescente acesso e disponibilidade de dados gerados por plataformas de Next Generation Sequencing tem vindo a permitir novas perspetivas acerca da patogenicidade, patofisiologia e disseminação de doenças de etiologia infeciosa. Tratando-se de um curso inicial de bioinformática aplicada ao estudo de diversos agentes patogénicos, incluindo a sua interação com o hospedeiro, o presente curso tem como principal objetivo abranger um amplo espectro de procedimentos analíticos que vão desde a introdução aos dados NGS, e respetivo controlo de qualidade, até aos estudos de associação genómica (Genome-Wide Association Studies) aplicados a diferentes agentes patogénicos. Pretende-se que através de uma abordagem essencialmente prática os participantes possam apreender os conceitos e fundamentos inerentes às diferentes fases analíticas. Tal, é fundamental para a tradução dos vastos conjuntos de dados gerados por este tipo de plataformas em informação biologicamente e epidemiologicamente relevante e, simultaneamente, consolidar de forma sistemática a base teórica dos mesmos.

Coordenação

João Perdigão, Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa

Destinatários

Profissionais de diferentes áreas tais como as ciências farmacêuticas, medicina, biologia ou áreas relacionadas, incluindo alunos de mestrado ou doutoramento e investigadores doutorados a desenvolver projetos que envolvem dados NGS.

Habilitações de acesso: Licenciatura ou Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, Medicina, Biologia e outras áreas afins.

Programa

Data e local da realização: 16 a 19 de junho de 2020, Sala A.3.1. da Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa

Horário do curso: 9h00 - 17h00

Nº total de horas: 28 horas

  • Horas teóricas: 5 horas;
  • Horas práticas: 23 horas.

Programa:

  • Introduction to NGS data and Quality Control;
  • Reference Assembly (mapping): mapping, data visualization, variant calling and functional annotation;
  • De novo genome Assembly: concepts and optimization, contig ordering and scaffolding annotation;
  • Introduction to Phylogenetics and Phylodynamics;
  • Pathogen profiling toolbox: from NGS to phenotype;
  • Transcriptomics and RNA-Seq;
  • Introduction to Microbiome Analysis and Metagenomics;
  • Genome-Wide Association Studies (GWAS).

Metodologia de Ensino

O curso abrange uma componente teórica sólida sobre a qual se encontra alicerçada a aprendizagem e desenvolvimento das várias fases analíticas através de sessões práticas e que compõe a maioria do curso. O curso incluirá dessa forma sessões teóricas e uma forte componente computacional prática com vista à análise de dados genómicos, transcriptómicos, ou metagenómicos e como correlacionar com a avaliação de características fenotípicas (e.g. resistência, virulência) ou com o risco epidemiológico para disseminação e respetiva importância ao nível de saúde pública. Esta abordagem permitirá aos participantes executar diferentes passos analíticos utilizando dados obtidos através de plataformas NGS de forma a responder a diferentes questões de natureza fundamental ou aplicada.

Será disponibilizada um computador por participante e todos os procedimentos analíticos serão realizados usando software open-source. Sessões de grupo interativas serão promovidas para discussão de resultados entre os participantes.

 

Aprendizagem e competências a adquirir:

O programa do curso pretende proporcionar aos estudantes uma maior familiarização com as diversas tecnologias ómicas, com a terminologia bioinformática, ferramentas disponíveis e fundamentalmente, capacitar os participantes para conduzir e realizar a fase analítica associada a este tipo de dados. Especificamente, no final deste curso, os participantes deverão ser capazes de:

  1. Compreender, interpretar e avaliar a qualidade inerente aos tipos e formatos de dados gerados pelas tecnologias ómicas de última geração:
  2. Mapear sequencias contra um genoma de referência, identificar variantes à escala genómica e realizar a sua anotação funcional;
  3. Realizar a montagem genómica de novo, incluindo análise comparativa e anotação genómica;
  4. Integrar os procedimentos analíticos prévios em abordagens filodinâmicas ao estudo da evolução e dispersão dos agentes patogénicos com importância ao nível da saúde pública;
  5. Realizar análise transcriptómica, avaliação e identificação de expressão génica diferencial;
  6. Caracterizar amostras polimicrobianas com vista à caracterização da composição do microbioma e metagenoma;
  7. Compreender, interpretar e realizar estudos de associação genómica (GWAS).

Propinas

Valor da inscrição: 350€

O pagamento deverá ser efetuado por transferência bancária para o IBAN:PT50 0035 0824 0001 1648 2303 3 e o respetivo comprovativo de pagamento enviado para o email posgraduados@ff.ulisboa.pt

A inscrição só é válida após a receção do comprovativo de pagamento pelos Serviços Académicos.

 

Nota: A FARM-ID, Associação da Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa é a entidade gestora desta ação educativa. A despesa respetiva pode ser enquadrada como despesa geral em sede de IRS

Candidatura

As inscrições para o Curso Pós-Graduado de Atualização: Pathogen Multiomics and Bioformatics são realizadas via Formulário Online, até ao dia 9 de junho de 2020.

Nº de vagas: nº mínimo: 6 e nº máximo: 16

Contacto

Informação relativa à organização do Curso, deverá contactar os Serviços Académicos (posgraduados@ff.ulisboa.pt).

Informações de cariz científico da lecionação do curso, deverá contactar o Coordenador do Curso, Doutor João Perdigão (jperdigao@ff.ulisboa.pt)