Objetivo
O crescente acesso e disponibilidade de dados gerados por plataformas de Next Generation Sequencing tem vindo a permitir novas perspetivas acerca da patogenicidade, patofisiologia e disseminação de doenças de etiologia infeciosa. Tratando-se de um curso inicial de bioinformática aplicada ao estudo de diversos agentes patogénicos, incluindo a sua interação com o hospedeiro, o presente curso tem como principal objetivo abranger um amplo espectro de procedimentos analíticos que vão desde a introdução aos dados NGS, e respetivo controlo de qualidade, até aos estudos de associação genómica (Genome-Wide Association Studies) aplicados a diferentes agentes patogénicos. Pretende-se que através de uma abordagem essencialmente prática os participantes possam apreender os conceitos e fundamentos inerentes às diferentes fases analíticas. Tal, é fundamental para a interpretação dos vastos conjuntos de dados gerados por este tipo de plataformas e sua translação para informação relevante de um ponto de vista biológico e epidemiológico.
Metodologias de Ensino e Avaliação
O curso compreende uma componente de ensino teórico baseado na exposição teórica de conceitos, metodologias analíticas e diversas ferramentas de software que visam proporcionar aos estudantes uma sólida base teórica que sirva de suporte às competências e procedimentos analíticos a serem apreendidos. A componente prática do curso é consideravelmente mais extensa que a componente teórica e constitui a continuidade natural dos conhecimentos teóricos a serem transmitidos. Pretende-se com o ensino prático não só que os estudantes apreendam os fundamentos e processos analíticos necessários para traduzir os elevados volumes de dados obtidos por plataformas de caracterização genómica de última geração em dados biologicamente e epidemiologicamente relevantes, mas também a consolidação e sistematização dos conhecimentos teóricos e base de funcionamento do software utilizado.
Aprendizagem e as competências a adquirir pelo estudante:
O curso aqui proposto pretende proporcionar aos estudantes uma maior familiarização com as diversas tecnologias ómicas, com a terminologia bioinformática e ferramentas disponíveis e fundamentalmente, capacitar os participantes para conduzir e realizar a fase analítica associada a este tipo de dados. Especificamente, no final deste curso, os participantes deverão ser capazes de:
- Compreender, interpretar e avaliar a qualidade inerente aos tipos e formatos de dados gerados pelas tecnologias ómicas de última geração;
- Mapear, identificar variantes e realizar a sua anotação funcional;
- Realizar a montagem genómica de novo, realizar uma análise comparativa e anotação genómica;
- Integrar dados obtidos em modelos filogenéticos com vista ao estudo da evolução e dispersão dos agentes patogénicos;
- Realizar análise transcriptómica e identificar expressão diferencial;
- Caracterizar amostras com vista à composição do microbioma e metagenoma;
- Compreender e realizar estudos de associação genómica.
Avaliação:
Não há avaliação, sendo emitido um certificado de participação.
Coordenação
João Perdigão, Investigador Júnior do Departamento de Farmácia, Farmacologia e Tecnologias da Saúde
Destinatários
Profissionais das áreas das ciências farmacêuticas, medicina, enfermagem, biologia e outras áreas relacionadas. Alunos de mestrado e investigadores doutorados a desenvolver trabalho em áreas afins.
Programa
Datas: 11 julho a 15 de julho 2022
Inscrições: até 04 de julho de 2022
Regime de estudo: O curso decorrerá em formato híbrido com possibilidade de participação presencial na FFUL ou, exclusivamente online em sessões síncronas.
Nº total horas: 22,5
Horário: 9h30 – 18h00
Inscrição
O registo para o Curso Pathogen Multiomics and Bioinformatics é realizado via Formulário Online, até ao dia 04 de julho de 2022.
As inscrições serão validadas por email e de seguida enviar por email (naoconferentesgrau@ff.ulisboa.pt) o respetivo comprovativo de pagamento efetuado por transferência bancária para o IBAN: PT50 0781 0112 0000 0004 5112 1, devidamente identificado, a fim de ser validada a inscrição.
Vagas:
- Nº mínimo: 6
- Nº máximo: 30
Valor da inscrição: 200 €
Contacto
Informação relativa à organização do Curso, deverá contactar os Serviços Académicos: naoconferentesgrau@ff.ulisboa.pt
Informações de cariz científico da lecionação do curso, deverá contactar o Coordenador do Curso, Doutor João Perdigão (jperdigao@ff.ulisboa.pt)